Ценнейший вклад в развитие культуры нин-дзюцу внесли члены военизированных крестьянских дружин – дзи-дзамураи. Эти ниндзя имели богатый практический опыт в ведении боевых действий в условиях полной секретности.

В те очень неспокойные времена крестьянские поселения нередко подвергались нападению разбойничьих шаек. Защищать деревни и были призваны формирования ниндзя и воинов-земледельцев. Подобное самоуправство довольно жестко преследовалось властями, которые опасались вооруженных крестьянских волнений.

Лица, уличенные в ношении или хранении любого оружия, подвергались арестам и жестоким казням. Многие земледельцы, решившиеся взять в руки какое-либо оружие, были вынуждены искать своего спасения в мятежных горных общинах. Именно там дзи-дзамураи примкнули к зарождающимся кланам ниндзя.

В начале периода Хейан , а именно в 794-1185 годах нашей эры, было жесточайшее диктаторство со стороны дворцовой аристократии, и это вызывало междоусобные конфликты, которые значительно ослабляли императорскую власть.

 

В VI веке в Японию произошло попадание китайского классического трактата о ведении войны. Книга же сразу получила огромное признание в военных кругах высшего ранга. Написание трактата происходило в V—III веках до нашей эры, и осуществлял его величайший стратег древности Сунь-цзы. Помимо вопросов тактики и стратегии ведения военных действий, огромное внимание талантливый полководец уделял проведению разведывательных действий ниндзя в условиях войны.

В главе о шпионаже Сунь-цзы именно так сформулировал основные принципы использования шпионов-ниндзя: "Знания о состоянии и месте расположения противника можно получать только от людей.

Используются шпионы-ниндзя пяти видов: шпионы внутренние, шпионы местные, шпионы обратные, шпионы жизни и шпионы смерти. Все пять разрядов шпионов-ниндзя работают, и нельзя знать их путей. Это непостижимая тайна. Они – величайшее сокровище для государя.

Во времена правления императрицы Кокэн власть оказалась в руках министра Доке, который представлял официальную церковь. Он сделал все, чтобы воспрепятствовать проникновению «буддийской ереси» в умы ниндзя: под его руководством был проделан «крестовый поход» против сторонников сюгэндо.

Доке издал указ, запрещавший изучение философии «Пути овладения сверхъестественными силами». Однако преследование и запрет на сюгэндзя дали в итоге среди ниндзя совершенно противоположный результат. Вместо того, чтобы отвернуться от философии сюгэндо, ниндзя стали поддерживать движение ямабуси.

В результате слияния нескольких религиозных концепций возникло новое философское учение , которое носило название Сюгэндо, что в переводе означает «Путь овладения Эн-но Одзуну по прозвищу «Гедзя». Будучи сыном очень известных родителей, в пятнадцатилетнем возрасте он решил стать  монахом и полностью посвятить себя исследованию буддийских писаний и преподнесению их для ниндзя.

Во времена становления философии буддизма среди ниндзя на Японские острова из Китая прибывало огромное множество буддийских проповедников. Синтоизм, господствовавший ранее в Японии, представлял собой культ божеств природы и предков, который требовал обильных жертвоприношений во имя верховных господствующих богов Аматэрасу и Дзимму.

Во времена проникновения буддизма и даосизма в средневековую Японию положено начало нового этапа развития этой страны. Количество приверженцев пришедшей идеологии среди ниндзя стало стремительно расти благодаря активным связям буддистов Китая и Японии.

Если говорить об истории истоков искусства ночных воинов, нельзя не упомянуть о легендарном движении Югаймэнь, что в переводе означает «Врата учения нищих монахов».

Историю появления и развития невидимых воинов ниндзя можно достоверно проследить и изучить от зарождения до самого конца. Большая часть тех фактов и историй, которые известны о ниндзя, взята из историй и легенд, передававшихся из поколения в поколение на протяжении нескольких веков.

Изначально «Искусство хитрости» было введено на территории Японии как религия, осуществляемая священниками.

Данные священники вовсе не были жестокими людьми, они являлись мистиками, которые собирались и делились своими знаниями, навыками и умениями, а также другой полезной информацией с высшим классом населения.

В 645 году нашей эры священники начали совершенствовать свои боевые навыки для того, чтобы защищаться от диверсий империи против них. В 794-1192 годах нашей эры цивилизация постепенно совершенствовалась, а вместе с ней и новый класс богатых, привилегированных семей. Данные семьи вели между собой непрерывную борьбу с желанием попасть поближе к власти и богатству. Возрастала широкая потребность в шпионах и наемных убийцах.