Некоторые легенды утверждают, что ниндзюцу существовало с незапамятных времен, реальные исторические источники озволяют говорить о существовании ниндзюцу как самостоятельного искусства не ранее второй половины XV — середины XVI вв. Именно в этот период сложились крупнейшие школы Ига-рю и Кога-рю. А весь предыдущий период, японской истории, по сути, можно рассматривать как период накопления знаний в области шпионажа, их осмысления и упорядочивания. Всю историю ниндзюцу можно разделить на три важнейших периода: период формирования (VI—XIV вв.), период расцвета (XV — первая половина XVII вв.) и период упадка (вторая половина XVII—XIX вв.).