Во времена становления философии буддизма среди ниндзя на Японские острова из Китая прибывало огромное множество буддийских проповедников. Синтоизм, господствовавший ранее в Японии, представлял собой культ божеств природы и предков, который требовал обильных жертвоприношений во имя верховных господствующих богов Аматэрасу и Дзимму.

Во времена проникновения буддизма и даосизма в средневековую Японию положено начало нового этапа развития этой страны. Количество приверженцев пришедшей идеологии среди ниндзя стало стремительно расти благодаря активным связям буддистов Китая и Японии.

Если говорить об истории истоков искусства ночных воинов, нельзя не упомянуть о легендарном движении Югаймэнь, что в переводе означает «Врата учения нищих монахов».

Историю появления и развития невидимых воинов ниндзя можно достоверно проследить и изучить от зарождения до самого конца. Большая часть тех фактов и историй, которые известны о ниндзя, взята из историй и легенд, передававшихся из поколения в поколение на протяжении нескольких веков.

Изначально «Искусство хитрости» было введено на территории Японии как религия, осуществляемая священниками.

Данные священники вовсе не были жестокими людьми, они являлись мистиками, которые собирались и делились своими знаниями, навыками и умениями, а также другой полезной информацией с высшим классом населения.

В 645 году нашей эры священники начали совершенствовать свои боевые навыки для того, чтобы защищаться от диверсий империи против них. В 794-1192 годах нашей эры цивилизация постепенно совершенствовалась, а вместе с ней и новый класс богатых, привилегированных семей. Данные семьи вели между собой непрерывную борьбу с желанием попасть поближе к власти и богатству. Возрастала широкая потребность в шпионах и наемных убийцах.

Некоторые легенды утверждают, что ниндзюцу существовало с незапамятных времен, реальные исторические источники озволяют говорить о существовании ниндзюцу как самостоятельного искусства не ранее второй половины XV — середины XVI вв. Именно в этот период сложились крупнейшие школы Ига-рю и Кога-рю. А весь предыдущий период, японской истории, по сути, можно рассматривать как период накопления знаний в области шпионажа, их осмысления и упорядочивания. Всю историю ниндзюцу можно разделить на три важнейших периода: период формирования (VI—XIV вв.), период расцвета (XV — первая половина XVII вв.) и период упадка (вторая половина XVII—XIX вв.).